小晋柴油发电机的滤清器系统由空气滤清器、机油滤清器和燃油滤清器三部分构成，三者协同工作，分别解决进气、润滑和供油环节的杂质过滤问题。空气滤清器采用干式纸质滤芯，通过褶裥结构增大过滤面积，有效截留0.5微米以上的粉尘颗粒，防止磨蚀气缸壁。机油滤清器采用旁通阀设计，当滤芯堵塞或低温启动时，旁通阀打开使未经过滤的机油直接润滑发动机，避免冷启动干摩擦。燃油滤清器分粗滤和精滤两级，粗滤器过滤水分和大颗粒杂质，精滤器处理微小颗粒，确保喷油嘴雾化效果。
在矿山等粉尘高、环境恶劣的工况下，柴油发电机需要具备矿用防爆与矿用隔爆认证。这要求滤清器系统采用金属外壳替代普通塑料件，密封结构需达到IP65以上防护等级，防止粉尘进入电气回路。防爆型空气滤清器通常增加金属网预滤层，隔爆型机组的滤清器接口采用螺纹加密封垫双重固定，防止振动松脱引发漏气或漏油。这些设计依据GB3836系列标准，对隔爆面间隙和表面温度有硬性控制要求，并非可选项。
滤清器的维护周期直接影响发电机的运行状态。空气滤清器建议每250小时检查一次，多尘环境下缩短至100小时；机油滤清器随机油更换周期同步更换，一般为250至500小时；燃油滤清器视油品质量而定，使用国六柴油的情况下600小时左右更换一次。判断滤芯是否该更换，最直观的方法是用手电筒照射纸质滤芯，若光线无法透过说明堵塞严重，需立即更换而非拍打清理。
